微生物絮凝劑已廣泛應用于給水、生活污水和工業廢水的凈化處理中。微生物絮凝劑用途主要涉及以下幾個方面。
1、給水
與傳統的無機及有機絮凝劑相比，微生物絮凝劑去除給水中的SS、有毒有機物、病原菌等污染物指標的效率更高，藥劑用量更少，絮凝沉淀物的沉降性能和過濾性能也更優，更適合作為飲用水的凈化藥劑。研究顯示，與海藻酸鈉、明膠絮凝劑相比，利用含有糖醛酸、中性糖和氨基糖的多糖絮凝劑處理河水水源時產生的絮團大、沉降快、上清液濁度低，而且處理后COD值更小，可見其絮凝效果更好。
2、城市生活污水
微生物絮凝劑處理城市生活污水并且已實現了較理想的SS、COD、BOD、TP、NH3-N、濁度等指標的去除效果，并具有顯著的水體臭味抑制作用。
3、工業廢水
下面分別介紹幾種常見工業廢水。
（1）建筑材料加工廢水。
建筑材料加工廢水中的SS含量較高，較難處理，而微生物絮凝劑能實現其有效治理。
（2 ）印染廢水。
印染廢水因其色度高、組分復雜、COD 高、而 B/C 值較小，可生化較差，是國內工業廢水治理上的幾大難題之一。處理印染廢水關鍵在于脫色，但目前還未出現十分有效的脫色方法，尤其是可溶性色素更加難以去除。在各種處理方法中，絮凝法因其具有脫色率較高的優點而被廣泛應用于以往的印染廢水處理過程。自從微生物絮凝劑引起水處理行業的重視后，用其處理印染廢水的研究報道很多。多項研究顯示，與傳統絮凝劑相比，微生物絮凝劑不僅具有良好的絮凝沉淀性能，而且可以達到十分顯著的脫色效果，適合于去除水體中的可溶性色素，處理后上清液呈無色透明，在印染廢水處理中有著傳統絮凝劑不具有的優勢。
（3）食品工業廢水。
微生物絮凝劑在食品廢水處理中得到越來越普遍的使用，并達到了較好的處理效果。如用微生物絮凝劑普魯蘭(Pullulan）處理味精廢水，其COD和SS的去除率均可達到40%左右，其濁度去除率甚至可高達99%。
（4）塑料工業廢水。
由于有機物鄰苯二甲酸酯常被作為一種增塑劑而廣泛應用于塑料生產和加工過程中，因此塑料工業廢水中含有較高含量的鄰苯二甲酸酯，處理難度也較大。而許多微生物卻能有效地降解有機物，從而實現良好的塑料工業廢水處理效果。
（5）其他工業廢水。
此外，在微生物絮凝劑處理其他工業廢水方面，也開展了相關的研究和應用。
4、畜禽廢水
畜禽廢水含有的COD、BOD和TN較高，屬于高濃度有機廢水，比較難以處理。采用微生物絮凝劑加Ca2+處理豬糞尿廢水，經過10min后，TOC由處理前的8200mg/L降低至2980mg/L，濁度也由15.7降低為0.86，向畜牧廢水中加入濃度為1%的含Ca2+溶液和R.erythropolis的培養物，可以分別使TOC和TN從 1420mg/L和420mg/L降至425mg/L和215mg/L，并且廢水的OD660值亦從8.6降為0.02。
5、活性污泥
活性污泥處理系統中容易發生污泥膨脹的現象，這時其沉降性能降低，而污泥的處理效率常因其沉降性能的變差而降低，若在活性污泥中加入微生物絮凝劑時，可迅速降低其污泥體積指數（SVI)，防止污泥解絮，消除污泥膨脹現象，最終使活性污泥沉降性能得以改善，實現污泥減量化，并提高整個系統的處理效率。
6、發酵產品的固液分離
利用微生物絮凝劑的絮凝作用可以提高去除固體物的效率，并且可以利用對細胞的優良沉降性能來去除發酵液中的菌體，操作和管理簡便，縮短了處理時間，有助于降解不穩定生物物質，大幅降低能耗、節省成本。例如在釀酒工業中，利用具有絮凝性能的酵母替代不具有絮凝性能的酵母可以釀出質量更好的啤酒。此外，在生物乙醇和面包發酵酵母的生產中，微生物絮凝劑也具有較高的應用價值。
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